Originariamente la selva se extendía más al sur del área que hoy efectivamente ocupa.
El avance de la frontera agropecuaria y la formación de núcleos urbanos han determinado este retroceso selvático.

Al quedar la selva parcelada en manchones, entre los cuales se extienden cultivos y zonas con un grado importante de deforestación, algunas especies, como los grandes felinos ven disminuir la fauna de la cual se alimentan, y consecuentemente, su propio número de ejemplares se reduce.

Uno de los rasgos distintivos de Misiones y que le da singularidad a su oferta turística es la vegetación. Desde ese punto de vista, el florístico, la provincia puede dividirse en dos grandes zonas: la selva Misionera y el campo, entre las cuales se halla una franja de transición.

A la primera nos hemos referido en la nota sobre el Parque Nacional del Iguazú. Con respecto a la segunda, la de campo, que va desde la línea Santa Ana, Cerro Azul, San Javier, hasta el límite con Corrientes, se puede decir que está caracterizada por pendientes cada vez más suaves donde alternan pajonales con manchones ("capones") de selva dispersa, siendo frecuente encontrar ejemplares de urunday, como asimismo bosques en galeríaS flanqueando los cursos de agua de cierta importancia.

Entre las zonas de selva y de campo se extiende una franja limitada por la línea antes mencionada y otra que va aproximadamente desde Santo Pipó a Panambí donde se encuentran algunos afloramientos de arenisca (fácilmente distinguible por su color rosado) mientras que la vegetación característica, es de pastos duros y semiduros en los lugares bajos, y selva en galería siguiendo los ríos y arroyos.

Este, a su vez, es responsable de una menor biodiversidad. En efecto, al quedar la selva parcelada en manchones entre los cuales se extienden cultivos y zonas con un grado importante de deforestación, algunas especies como pueden ser los grandes felinos ven disminuir la fauna de la cual se alimentan y consecuentemente, su propio número de ejemplares se reduce.

Sólo en fecha relativamente reciente diversos gobiernos han comenzado a considerar con preocupación el problema de la disminución de la biodiversidad. Se teme que la pérdida de muchas especies, animales o vegetales, que hoy ni siquiera son conocidas, impida que la ciencia llegue a tiempo para estudiarlas y obtener de ellas un conocimiento valioso sobre ,mecanismos biológicos o sustancias orgánicas que pueden ayudar a la humanidad a mejorar su calidad de vida, obtener antígenos que prevengan enfermedades y cuestiones similares.

Esa concientización a escala mundial es una de las causas (no la única) por la cual se están tomando medidas para proteger algunos ambientes que se encuentran muy amenazados por el accionar humano.

La creación de parques nacionales, áreas protegidas y defensa de monumentos naturales son algunas de las formas de trabajar en ese sentido.

Misiones no ha permanecido ajena a esta vía de acción, habiendo establecido formalmente diversas áreas protegidas. A continuación consignamos una lista de ellas:

Parque Nacional Iguazú: (Ver Mas Aqui)
Ley 12.103/34, 55.000 hectáreas. Protege un sector de la selva El Laurel, Guatambú, Palo Rosa y Palmito y da marco a las Cataratas.

Parque Provincial Yacuy:
Ley 2876/91, 347 hectáreas, 50 cascadas. Su creación asegura la protección florística y faunística asociada a este curso de agua que luego atraviesa el Parque Nacional Iguazú.

Parque Provincial Urugua-I:
Ley 2794190, 84.000 hectáreas. Protege las nacientes del arroyo Urugua-í, está unido al Parque Nacional del Iguazú, formando así la mayor reserva de la selva Paranaense. Área de conservación importante.

Parque Provincial Cruce Caballero:
Ley 2876, 432 hectáreas, 27 cascadas. Se constituye en una de las últimas reservas semilleras del Pino Paraná, verdadero banco genético para la especie.
Parque Provincial de la Araucaria: Ley 2876, 92 hectáreas, 61 cascadas de agua. Vecino al pueblo de San Pedro. Protege un bosque de puro Pino Paraná semillero turístico.

Parque Provincial Moconá: (Ver mas Aqui)
Ley 2854/91, 999 hectáreas, 95 saltos y cascadas. Brinda un marco natural a los Saltos del Moconá y junto al vecino Parque Estadual Do Turvo (15.000 hectáreas), crean un importante Área Protegida en este sector.

Parque Provincial Salto Encantado:
Ley 2854191, 705 hectáreas, 89 cascadas de agua. Garantiza las condiciones naturales en los alrededores de este Salto constituyéndose de gran interés recreativo y turístico.

Parque Provincial Cañadón Profundidad:
Ley 2876, 19 hectáreas. Por estar en la zona de los campos y ser un bosque en galería con presencia de Urunday se constituye en el primer parque de su tipo.

Monumento natural Teyú Cuare:
Ley 2876191, 78 hectáreas, 41 cascadas. Protege un interesante afloramiento rocoso de singular valor paisajístico, con cavernas, naturales, refugio de gran número de especies animales.

Reserva Isla Caraguatay:
Ley 2876, 52 hectáreas. Protege la isla cubierta de vegetación y fauna nativa, de gran interés turístico. Próxima a MonteCarlo.

Parque Provincial Esperanza:
Ley 2876191, 686 hectáreas, 27 cascadas y saltos. La situación de este parque hace de él un verdadero corredor faunístico entre la Cuenca del Arroyo Urugua-í y el Piray.